Estrategia computacional para la asignación funcional de proteínas abordando el problema de multidominio

Résumé

Desarrollo de una herramienta computacional para la asignación de función a proteínas o a sus dominios e implementada en un servidor web denominado AnaGram. El sistema funciona en dos etapas diferentes que finalmente dan como resultado una predicción de función para una secuencia problema dad: 1) Primero son seleccionados pequeños fragmentos peptídicos comunes entre la proteína problema y otras proteínas de las bases de datos, los cuales podrían actuar, como piezas modulares de la evolución para la construcción de péptidos funcionales y a los que llamamos protomotifs. 2) Y en una segunda etapa la función es asignada a la proteína, basándose en correlaciones entre los protomotifs encontrados y las anotaciones funcionales de las secuencias de donde proceden y contenidas en la base de datos de proteínas SWISS-PROT o en la de referencias bibliográficas MEDLINE. Además, también son usadas ontologías para definir mejor la predicción, las cuales organizan jerárquicamente las funciones encontradas. La potencia de AnaGram radica en que siempre encuentra algún tipo de similitud entre la secuencia analizada y otras proteínas con información funcional en las bases de datos, aunque otros métodos tradicionales no sean capaces de dar resultados significativos. Por todo ello, AnaGram puede ser usado para obtener información en experimentos de definición de función, mutagénesis dirigida y diseño de medicamentos. El sistema ya ha sido ensayado con conjuntos amplios y diversos de secuencias de protéínas, dando unos resultados muy positivos con todas ellas (Pérez et al., Comp. Funct. Gen., 3(5), 423-440).