Departamento: Biología Molecular e Ingeniería Bioquímica

Centro de investigación: Centro Andaluz de Biología del Desarrollo (CABD)

Área: Genética

Grupo de investigación: Organización genómica, homeostasis y evolución

Email: ajperez@upo.es

Web personal: http://www.bioinfocabd.upo.es/

Áreas PAIDI: Biología y Biotecnología

Programas de doctorado: Ingeniería, Ciencia de Datos y Bioinformática

Doctor por la Universidad de Málaga con la tesis Estrategia computacional para la asignación funcional de proteínas abordando el problema de multidominio 2003. Dirigida por Dr/a. Guillermo Thode Mayoral, Dr/a. Oswaldo Trelles.

Soy licenciado en Biología y doctor con tesis basada en el desarrollo de una herramienta bioinformática para la predicción de función de proteínas. Realicé una estancia de 2 meses en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) con una beca EMBO, y un contrato postdoctoral en el Instituto Nacional de Bioinformática (INB), donde trabajé en un grupo de desarrollo de herramientas web para integración bioinformática. Durante 7 años, fui profesor de un Master online en Bioinformática en la Universidad Internacional de Andalucía (UNIA) y desde 2007 soy profesor a tiempo completo en la Universidad Pablo de Olavide (UPO), con una línea de investigación en minería de datos, anotación de secuencias biológicas a escala ómica, y análisis de secuencias ligadas a enfermedades humanas, en este último con trabajos publicados en enfermedades genéticas raras y enfermedades infecciosas (varios en Atrofia Muscular Espinal, Tay-Sachs, SIDA e infecciones nosocomiales). Particularmente interesado en el desarrollo de herramientas y protocolos bioinformáticos para la anotación estructural y funcional de genomas, así como el análisis de expresión génica, y su aplicación al estudio de problemas biológicos concretos, con especial interés en enfermedades humanas. En este campo he publicado varios artículos, y dirigido decenas de trabajos fin de máster y fin de grado, varias de ellas asociadas al análisis de pangenomas bacterianos y a la descripción y análisis de sistemas de defensa CRISPR-Cas. Algunos de los resultados de estos trabajos han sido publicados en revistas científicas, junto con los estudiantes que los desarrollaron. En el campo del análisis computacional de pangenomas bacterianos he publicado más de 10 artículos desde 2017, en revistas de primer decil y con un alto número de citas. Actualmente estoy aplicando mis conocimientos bioinformáticos para estudiar genomas de bacterias patógenas, así como para entender mejor la interacción bacteria-bacteriófago (virus que infectan bacterias). En este campo mantengo múltiples colaboraciones con grupos de laboratorio, tanto nacionales como internacionales. También soy director del Centro de Computación Científico de la UPO (C3UPO) que gestiona un cluster de casi 2.000 núcleos computacionales y en docencia, he sido director de un máster en Biotecnología Sanitaria durante 10 años, y actualmente dirijo un curso de especialización y un máster online en Análisis Bioinformático, ambos en la UPO. He dirigido 3 tesis doctorales, una más que finalizará en abril de 2024 y 2 más en proceso, 3 de ellas en análisis de genomas bacterianos. Por último, he sido responsable de 6 contratos de técnicos de investigación de la Junta de Andalucía y del Ministerio.